前言
该配套文档已经进行了7次更新(最近一次是20250820),主要是把初学者常犯的错误指出来,帮助大家减少报错,报错内容主要来自b站、小红书、粉丝qq群,感谢大家;除此之外增加R/rtools/rstudio的版本注意问题。
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R语言在医学中的应用
很多初学者可能并不知道R语言在医学中有什么用,我先简单介绍一下。R语言在医学中的使用非常广泛,涉及方方面面!
首先肯定是医学统计分析,R语言就是统计学家开发的,相比于SPSS、SAS、Stata等软件,R语言的统计分析功能更加强大,一些新的统计方法也会首先使用R语言实现。对于一些复杂的meta分析等方法,目前也只有R语言才能实现。
其次是R语言在生信数据分析中应用广泛,经久不衰的生信数据挖掘也一直是医学生发文的热点方向之一。各种常见的生信下游分析(比如:差异分析、富集分析、生存分析、免疫相关分析、单细胞分析等)都是在R语言中实现的,各大生信数据库(比:TCGA、GEO、ICGC、CCLE等)挖掘也是以R语言为主。
第3是R语言在临床预测模型和机器学习方面的应用。临床预测模型也一直是发文的热点之一,目前多数临床预测模型相关的文章都是以R语言为主,除了传统的3大回归模型(线性回归、逻辑回归、COX回归)外,各种机器学习方法的使用也越来越频繁,这些都可以使用R语言实现。而且R语言在机器学习领域也越来越强大、易用。
第4是R语言在孟德尔随机化中的应用,孟德尔随机化曾是发文的爆点,各种MR分析方法都是以MR为主,R语言可以实现全套的MR分析。
第5是R语言在各大医学数据库挖掘中的使用,比如近几年非常火热的nhanes、GBD、CHARLS、FAERS、MIMIC、eICU等,它们的分析需要使用R语言。传统的EXCEL和SPSS无法实现这些复杂的分析。
第5是R语言的绘图功能强大,常见的统计图表(条形图、折线图、散点图、直方图、箱线图、小提琴图等)轻松拿捏,各种常见的医学三线表轻松绘制,亚组分析和森林图等1行代码实现;各种生信常见图形也是不在话下,比如热图、网络图等;各种地图也是手到擒来。
为什么要写这个合集
公众号一直免费分享各种R语言教程,主要是面向医学生/医生或者公卫、流统、统计等群体,但是这部分人是没有任何编程基础的,即使写的已经非常通俗简单了(甚至有朋友觉得太啰嗦),但还是有很多人跟着公众号的教程自己做不出来,并且有很多朋友一直问有没有相关的视频教程,之前是没有的,现在有了!这个教程就是专门为编程零基础的医学生/医生等群体准备的。
我在学习R语言的时候,走了很多弯路,我把其中的一些注意点写出来,让大家少走点弯路。
我认为《R语言是实战》是最适合医学生入门R语言的书籍,没有之一。但是由于书的作者是老外,所以这本书的开头部分和中国的特殊情况不太合适,比如它没有告诉我们大陆地区安装R包需要更改镜像,所以你一上来就遇到最大的难题:R包安装……并且有相当一部分医学生学习R语言是为了分析生信数据,然而这部分R包的安装又与默认方法不同……我太明白R包安装失败的痛苦了,刚学的时候啥也不懂,经常就困在安装R包上几个小时甚至几天!
另外就是有一些概念比较晦涩难懂,这对于没有任何计算机背景的医学生/医生来说是非常难解决的问题,尤其是刚开始接触R的时候,报错了也不知道怎么解决,或者找不到合适的解决方案,非常煎熬。又或者是你在相关的交流群问别人,可能出现“别人看不懂你的问题”或者“别人的回答你看不懂”,无效交流。
有一个非常著名的悖论就是:当你学会某项技能或知识时,你就会忘记你不会的时候是什么样子。我会尽量做到从初学者的角度进行讲解,虽然我也已经忘记我不会的时候是什么样子……
内容简介
本合集主要面向医学生/医生,或者公卫、流统、统计等群体,可能不适合其他专业。本合集仅有R语言最基础的内容,R语言实战内容会在本合集结束后新开合集介绍。
初学者学习R语言不需要完全记住所有内容,只需要有个大概印象即可,这样你在遇到类似的问题时可以知道解决的途径,也可以避免与别人交流时因为完全听不懂而产生无效交流。等使用次数多起来之后自然就会记住各种概念和用法,学习编程是一个熟能生巧的过程,一定要多敲代码!
主要内容如下:
与我的其他合集一样,本合集也会长期保持不定期更新,并且也是网页版免费看,PDF版付费获取(附赠Word版)。
免费文档观看网址:R语言零基础入门
PDF版获取链接:公主号:R语言零基础入门PDF版;或者在[阿越就是我]的B站小店购买。
所有内容都已在我的个人公众号(医学和生信笔记)发布,收录在R语言入门合集中,包括数据获取方式,想要白嫖的可在历史推文中查看对应的文章(有些数据会在公众号文章的评论区放出获取方式)。
为了方便大家学习,我已经录制了配套的视频,放在了哔哩哔哩(我的B站账号:阿越就是我),免费观看,点击直达:R语言零基础入门
限于个人专业、水平、时间等问题,难免有很多不足之处,欢迎大家以各种方式(微信、QQ、公众号留言等)交流、建议。但是请不要抬杠,也请不要成为喷子、伸手党、张嘴党。
参考书目
主要参考了3本书:
《R语言实战》
《R数据科学》
《R语言编程-基于tidyverse》
推荐阅读
推荐一些适合医学生/医生的R语言书籍:
入门/R语言基础:
《R语言实战》
《R数据科学》
《R语言编程-基于tidyverse》
R语言绘图:
《R数据可视化手册》(超详细版ggplot2绘制各种图形的说明书)
《ggplot2:数据分析与图形艺术》(ggplot2作者写的书)
《R绘图系统》(R语言绘图进阶)
预测模型和机器学习:
《应用预测建模》(caret说明书,适合医学生入门预测模型)
《R语言整洁建模》(《tidy modeling with R》中文版,本人翻译,已上市)
《Applied Machine Learning Using mlr3 in R》(中文版《使用mlr3应用机器学习》也是由我翻译,2025下半年上市)
《精通机器学习-基于R》(进一步了解caret及其他机器学习R包)
作者介绍
阿越,外科医生,R语言爱好者,长期分享R语言和医学统计学、临床预测模型、生信数据挖掘、R语言机器学习等知识。
哔哩哔哩:阿越就是我
Github:ayueme
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