02年世界杯韩国黑哨_曲棍球世界杯 - guanchafang.com

例图2.九象限图结果展示

每个象限的含义可以参考下表中的解释。

表1 九象限图解读

看了这么多介绍，大家是不是对九象限图蠢蠢欲动了呢~Omicshare云平台新推出了九象限图工具——你有需求，而我刚好专业，希望能满足广大研究者做转录组和蛋白组关联分析的需求。下面我们就介绍一下这款工具如何操作。

登录云平台

登录Omicshare云平台www.omicshare.com/tools，在“所有软件”中找到九象限图分析

图1. 九象限图工具位置展示

输入文件的准备

点击图标进去之后，会跳转到操作界面。界面包括“数据输入”以及“作图参数”两部分。分析需要同时输入以下数据：转录组表达量总表、蛋白组表达量总表、以及ID转换文件。

九象限图的关键，就是基因/蛋白ID和差异倍数，因此转录组表达量总表与蛋白组表达量总表是必须输入的文件，输入基因/蛋白ID和差异倍数的文件，可添加注释等信息。

一定要将差异倍数在表格的第几列标明出来（必须），以转录组示例为例，差异倍数在表格的第6列，在下一列填入数字6就可以了。

而如果基因和蛋白的ID不对应，可以添加ID的对应文件，用于将基因和蛋白对应起来。这三种数据的格式可以通过点击“示例”查看。

图2.转录组示例文件，基因ID和差异倍数一定要有哦

图3. 数据输入界面展示，标*的地方是一定要填的哦

作图参数操作

为了方便对图形进行修改，我们提供以下作图参数，每个参数的说明如下：

转录组/蛋白组差异倍数阈值: 默认转录组是上、下调2倍，蛋白组是上、下调1.2倍，可以对差异倍数进行调整。

tip：关于转录组和蛋白组的差异阈值，这个其实只是目前发文章的一般标准，并不代表所有的项目都必须按照这个标准，在特定的情况下，可以根据自己的实验情况来进行调整。只要能筛选到基因/蛋白，并对其进行讨论和验证，给出筛选标准的合理解释，在发文章时就不会有太大问题。

各象限颜色(顺序1-9象限)：每个象限颜色选择默认，若选择自行输入，则每个象限的颜色可自由更改。

tip：在文章的讨论部分，大家可能会针对某个或几个象限来重点讨论，那么这个时候，将其他象限的颜色都调成黑色，将目标象限标注出来，也不失为一种好方法。

x、y轴标题: 可自行定义x、y轴名称。不要出现中文或者特殊字符(如括号等)

字体放缩倍数:字体默认固定大小，字体缩放建议在1-2倍之间。

图4. 作图参数界面

结果输出及解读

基于示例文件进行分析，可输出以下结果，包括10个表格以及1个图形：

图5 结果展示

1)A-VS-B.annot.all.xls:九象限总表，记录了所有基因/蛋白所在的象限信息，在转录组和蛋白组的表达量，功能注释。

图6 九象限总表，记录了有基因/蛋白所在的象限信息

2)A-VS-B_1（2、3、4…）.annot.xls:各象限分表（9个），记录了各自象限的基因/蛋白信息，在转录组和蛋白组的表达量，功能注释，表格内容和总表类似，少一列象限信息。

3)A-VS-B.associate.png/pdf：九象限结果图。九象限图共分为9个象限，纵坐标代表转录组基因差异倍数的log2值，横坐标代表蛋白表达差异倍数的log2值。基因表达上下调2倍的基因为显著差异基因（log2=1或-1），蛋白表达上下调1.2倍的蛋白为显著差异蛋白（log2= 0.263,或- 0.263）。

图7 九象限图

Tip：经常有老师问，非模式生物的蛋白组，没有抗体，无法用ELISA 或者WESTERNBLOT来做差异蛋白的验证，该怎么办？能不能挑选基因做QPCR来验证？

通常我们会建议老师挑选基因和蛋白表达模式一致的基因来进行验证，如果只通过两张表达量总表来筛选，会非常的耗费时间精力，一不小心就眼花缭乱了，那么这时候通过九象限图，就可以很快的帮助我们找到这类基因了，是不是省力了很多呢。

让我们一起期待omicshare的下一个工具吧。

（九象限图工具上线第一周免费使用，还没用过的赶紧去试试，之后就要收费啦，2个奥币一次）

参考文献

[1] Chen, J.; Liu, S.S.; Kohler, A.; Yan, B.; Luo, H.M.; Chen, X.M.; Guo,S.X. iTRAQ and RNA-Seq analyses provide new insights into regulation mechanismof symbiotic germination of Dendrobiumofficinale seeds (Orchidaceae). J. Proteome Res, 2017, 16, 2174–2187.返回搜狐，查看更多